天台第三祖慧思，不光是个学者，而且是个并不亚于善意大士之严肃实践的人。唐高僧传（一六）有如次的记载：澧阳的慧成，于建业学戍实，只要听过一次，就可知道十年的文理，是这样一个具有才器的人；到了学业完成，在同归故乡的途上，特地去访慧思，慧思对他说：“卿一生学问，与吾炙手犹不得热，虚丧功夫，惜哉”!慧戍依于慧思的这个训戒，乃尽烧所有的章疏，发奋努力修禅，经十有五年。于此，有了慧思的面目。是以景德传灯录，认为他也是禅门达者的一人而被加入。在大苏山，给与门人的教示或禅诗。如依光定所传述的一心戒文，在南岳，慧思与达摩，曾经会见，或意思勉力化导日本的是达摩，有种种的传说，后世在中国，也流布著这种不同的传说，当然，这是不足信的。然此传说的原因，在于意思非常的尊重禅定，而激烈排斥偏重论议与文字的佛教。不过要知道的，就是慧思的立场，与禅宗的教外别传，有著很大的不同。其显著的，如诸法无诤三昧门（上）说：“定如净油智如注”。又说：“若欲断烦恼，先以定动，然后智拔。定名奢摩他，智慧名毗钵舍那”。如是教观相依，是他的止观原理。这在唐高侩传（一七），所以叹赏为：“自江东佛法弘重义门，至于禅法蔑如也。而思慨斯南服，定慧双开，昼谈理义夜便思择，故所发言无非致远”。
慧思，继承北齐的一心三观说，可以想像这就是他教学的基础。然在现存的慧思论著中，与其说他的思想在一心三观说，毋宁说般若系的空观思想，是其显著的思想。灌顶在止观（一上），只说“南岳事慧文禅师”，没有显示传法的内容。南岳思大禅师立誓愿文的开头，慧思虽曾叙说修学时代的自传，但亦只说有“遍历齐国诸大禅师学摩诃衍，恒居林野经行修禅”。然在大苏山，依慧思之命的天台，代讲金字般若，及至一心具万行处，忽有所疑，乃问慧思，慧思回答说：“汝问所疑，此乃大品次第意耳，未是法华圆顿旨也”。于此可以知道，慧思的思想，已超越了般若系。而且在事实上，教观的全面，法华经的色彩，亦是很浓厚的。
因为意思在修学时代，读诵法华经及于千遍，所以现在想以法华经为其教学的基本原理。法华经安乐行义说：“法华经者，大乘顿觉，无师自悟，疾成佛道”。其法华经的原理，在于叙说“一心一学，众果普备，一时具足，非次第入”的这种圆顿妙理。因而一看，般若系的空观思想，虽说是很显著的，但慧思的所谓空观，与法华经的诸法实相论相结合，这也是明白的事实。诸法无诤三昧法门的受念处品的偈颂说：“观三受性非空有，则无系缚无解脱（中略），众生与佛一如如，本末究竟无差别”。以法华经十如之一的本末究竟等的等字，解释无差别的意义，这是天台所依田的。在德一与传教对论时，把这等的意义，说为齐等义呢?还是说为等取义呢?虽说成为问题，但从这偈颂看，天台说为齐等义，可知这是从慧思的思想来的。不论怎样，那在诸法无诤三昧法门（上），明一切智、道种智、一切种智的三智，是以禅波罗密为根本而示转戍的过程。禅波罗密的表现相，虽是千差万别，但其根本是一，是于一念一心中具足一切。
慧思教学的根本原理，既然重在法华经，这当然是值得注目的。北齐据龙树系而说一心三观，傅翕虽于龙树系之外，表示对法华经的关心，但还没有以法华经为教学的基础。然今慧思，将法华圆顿义与龙树思想结合，而为全教观体系的根本原理。依辅行（一之二）说：慧思虽已详细知道了四教判，唯未细判。而其四教判，是从慧文相承而来。
慈觉也说：慧思立诸佛性法、小乘浅近法、诱引大乘法、诸法实相的四时教。慧思教学，从以法华经为最高的经典而被尊敬的事实及以法华经之体规定为诸法实相这点来看，这个见解，是正当的。
然慧思教学的特色，最显著的，在摄入缘起论思想的这点。诸法无诤三昧法门（下）：以六识为枝条识，以心识为根本识。无明的波浪现起而随缘时，谓生六识，称六识为分张识、假名识，称心识为动转识。又区别心性与心相时，说心性为如来藏、自性清净心、真心、法身藏、意识。阿梨耶识之名虽然没有，但因以六识为枝条识，以根本识为动转识的关系，所以将心性的自性清净心说为阿梨耶识，或亦被想像到了。“譬如清净如意珠，杂色物裹置水中，能了清水随色变，青物裹时水则青，黄赤白黑皆随变，珠色寂然不变异，心性清净如意珠”的这个偈颂，我们认为受有南道地论宗的影响。
缘起论思想，在古来被传为意思撰述的大乘止观法门，占有中心地位。本书卷四，除引用法华经长者穷子譬喻外，全卷不管什么地方，都无如上所述实相论系的理说，以起信论的真如缘起说为所依，糅合摄论宗之思想的，是本书的特色。在止观的依止、境界、体状、断得、作用的五章中，明第一止观依止中，将依止的一心，约为空如来藏与不空如来藏而说。又本书的所依，显示是起信论。更说自性清净心为体，阿梨耶识为相，六七识为用。又将阿梨耶识，说为和合识、种子识、果报识。在明第二止观境界的地方，将止观对象的一心，分为分别、依他、真实的三性，而第二依他性，又分为清净分与杂染分等。还有，在明本书中心的第三章止观体状中，说从三性转入三无性等，可以明显的看出是受了摄论宗的影响。当然，大乘止观法门，不光是起信论与摄大乘论的糅合。将阿梨耶识，分为干时与果时，谓阿梨耶识有二种，以清净分依他性，名为清净和合识，以杂染分依他性，名为杂染和合识等，这都不是摄大乘论所说的。
又本书在明第一章及第二章不空如来藏处，虽彻底的主张性恶说，但这亦与起信论的说相大为不同，何者不空如来藏?在明具染净二法中，论净法本具完毕说：“如是无量无边性净之法，唯是一心具有，如起信广明”。虽举起信论为权证，但在明染法本具的地方，没有引证起信论。于彼有说：“初明具足染性者（中略），是故经云心性是一，云何能生种种果报即是能生生死?亦复经言即是法身流转五道，说名众生，即是能作生死”。这是大乘止观法门性恶说的根据。可是于此作为权证的，是经而不是起信论。前引性具净法之权证的起信论文，大概是立义分的三一者用大，能生一切世间出世间善因果故”之文。这文不是明说性恶本具。尤其在隋昙迁的大乘止观法门第二卷，引此论的用大文，而说三一者用大，能生一切世间出世间善恶因果”，所以不独能生善的因果，就是恶的因果也能生的。或认这就是用大，也说不定。然从起信论的全体说相来看，染法是无明所作，而解释文，把真如之用，说为报应二身施外利生的活动。且在对治邪执的一段，把如来藏自体具有一切世间生死等法，断为第四邪执，说烦恼染法，唯是妄有，性自本无。因为是那么样的，所以起信论把恶的因果说为用大，我们认为是不可以的。反之，大乘止观法门，说染事本具，如来藏中，不独具有性恶，就是事恶也是本具的。因为有著这点不同的关系，所以不入起信论的系统。
如此，大乘止观法门，不唯是起信论及摄大乘论理说的糅合，如与诸法无诤三昧法门及法华经安乐行义所说对照起来，其不可解之点，是很多的。后者，在法华经圆顿义的基础上，龙树系的一心三观说虽曾被说及，但缘起说，仅不过是润色的效用而已。而其缘起说，且被推定为属于南道地论系统。然大乘止观法门，如上所说，虽已展开起信论及摄大乘论的缘起说，而法华经的圆顿义等，可说完全没有。大乘止观法门，古有真伪之论：在中国，义寂、遵式、了然、智旭等，虽认为这是慧思的撰述，但日本的证真、普寂等，却主张这是伪撰的，即在今日，大多数的学者，都主张伪撰说。证真，从本论的内容与慧思其他的著述，特以义势及文势的不同点为论据，说明非慧思作。不过我们注目于本论的义势时，认为这与诸法无诤三昧法门及法华安乐行义，并不是同一著者的撰述。从性恶说被说的这点，木论属于天台系，亦可说是慧思的撰述。在论天台性恶说的地方，如后所述，此说与缘起论系的思想，必不是没有关系。唯除去缘起论系统摄相归性的观点，而说当体全是的性恶说，在这种地方，是有天台性具说之特色的。关于本论的性染说与天台性恶说的不同，到后第三章再说。
修禅寺相传私注，叙说天台列祖学风的不同，所示慧文、慧思教学的差别，是可参考的。即从境的一心三观转向心的一心三观，是慧思教学的特色。这一转向：第一、为当时新传的佛教，而一般敌界所关心的目标，所谓缘起佛教的威势，是不可侮的；第二、如后来的天台，因为实践观心，所以不得不取约心的观相。
依于以上的论述，我们理解了：慧文的一心三观说，具有龙树系的实相论与博翕法华经的原理，而在综合两者的慧思教学中，远远的继承著南北朝禅定主义的精神。然由慧思教学之缘起论的唯心论的思想存在，有将法华经的圆顿义与一心三观，导于摄相归性的倾向。摄相归性，是将差别的诸相摄入一如平等的法性，而始谈诸法即实相的法门，并非是以诸法差别相的当相当处为实相性具。慧思的一心三观，被评为别教的所以，也就在此。
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